5人の凶悪な死刑囚が世界各地の刑務所から脱獄し、一路東京へ。地下格闘技王者の範馬刃牙は、主催者である徳川光成から、この非常事態を知らされる。
刃牙は援軍を連れた不良達に再び絡まれるも、これを軽く一捻り。だが、そこへ死刑囚の1人であるスペックが突然現れ、挨拶代わりに刃牙に襲いかかる。
死刑囚のドリアンが、実戦空手の神心会本部道場を急襲。道場を血で染めるドリアンの前に、中国拳法の特別コーチを務めていた烈海王が立ちはだかる。
偶然か必然か、地下格闘技場に集結してにらみ合う最凶死刑囚達と地下格闘技の闘士達。一触即発の緊張感が漂う中、徳川光成は開戦を高らかに宣言する!
梢江と甘い一時を過ごす刃牙を襲撃しようとするスペック。拳を振り上げたその瞬間、伝説の喧嘩師である花山薫が現れ、スペックに戦いを仕掛ける!
スペックは暴虐極まる死刑囚殺法を駆使し、有無を言わさぬ暴力が花山を飲み込んでゆく。だが、花山は、他の誰も真似できない戦い方で反撃を開始する。
教室に乗り込んできたドイルに一撃を食らわした刃牙は、校舎裏へと逃亡。一息ついたのも束の間、そこには学校の職員に変装した柳龍光が潜んでいた。
徳川邸で一堂に会する刃牙と地下闘技場戦士達。学校での屈辱の敗戦について話し合っていると、厳重な警備を易々と突破したドリアンが乗り込んでくる。
神心会空手随一の武闘派、加藤清澄は、下水道の中の隠れ家に潜むドリアンに戦いを挑む。ドリアン対加藤、この壮絶な死闘にルールなど存在しない。
神心会空手は全国100万人の会員を結束させ、ドリアンを遊園地へと誘導。待ち構えていた加藤清澄の同期の桜、末堂厚は、ドリアンに怒りの拳をぶつける!
ドリアンの過去に驚く一同の中から対戦相手として進み出たのは、神心会空手の創始者、人呼んで"虎殺し"の愚地独歩。空手と拳法の頂上対決が始まる!
鍛え上げた拳を存分にドリアンへ打ち込む、"武神"愚地独歩。ドリアンが味わったことのない恐怖に震え上がったその時、重体のはずの加藤清澄が現れる。
東京の治安を脅かし続ける、野放しの死刑囚達。事態を重く見た警視庁警視正の園田が各国の治安機関に協力を求めると、ある人物の存在が浮かび上がる。
オリバは、残りの死刑囚達の身柄を確保するべく来日。シコルスキーは梢江を使って刃牙をおびき出そうとするが、その背後には思わぬ人物の影があった。
警視庁のデータベースで、残る死刑囚達の手掛かりを探すオリバ。全く無警戒なオリバの隙を突き、なんと婦警に変装したドイルが急襲を仕掛けてくる。
圧倒的な腕力だけで警視庁の屈強な柔道家達を次々と投げ飛ばすオリバ。全員に勝ったら黒帯をよこせと言われた園田は、この理不尽な要求に難色を示す。
鎬昂昇とドイルの息詰まる死闘は、衝撃的な決着へ。梢江と甘く、それでいて緊張感に満ちた一時を過ごす刃牙の前に、どこからともなく勇次郎が現れる。
中国拳法の最高傑作、烈海王は武具を用いた戦闘でも勢いすさまじく、全身凶器のドイルを圧倒。ドイルは血に染まり、勝負あったかに思えたのだが…。
神心会空手の総帥、愚地独歩は、本部道場を大爆発させたドイルの前に立ちはだかり、容赦ない攻撃を打ち込んでゆく。徳川は、柳龍光の師を訪れる。
大日本武術空道のマスター、国松を訪ねた徳川光成は、空道の恐るべき秘技・毒手について学ぶ。一方、刃牙は想いを寄せる梢江と愛を確かめ合う。
大きな成長を遂げた刃牙に対し、柳龍光とシコルスキーは2人がかりでも歯が立たない。刃牙は2人をたたき潰すかと思いきや、思いもよらない行動に出る。
夜の公園で肉弾戦を繰り広げる、刃牙の異母兄弟であるジャック・ハンマーとシコルスキー。死闘は場所も状況も選ばず、さらに激しさを増してゆく。
地下闘技場に連れて来られたシコルスキーと戦う、環境利用闘法の使い手・ガイア。その異質な攻撃が、シコルスキーをゆっくりと、着実に追い詰める。
本部流柔術の本部以蔵に毒手を切り落とされ、無力化した柳龍光。2人の前に現れた範馬勇次郎は圧倒的な威圧感を誇り、敗北を認めるよう柳に迫る。
世界中から尊敬を集めた元ボクシングヘビー級チャンピオン、マホメド・アライ。その口から、若き日の範馬勇次郎との遭遇、そして闘いが語られる。
海王の称号を持つ者達による武術トーナメント、大擂台賽(だいらいたいさい)。烈海王は、毒に侵された刃牙をこの戦いに参加させるよう師に直訴する。
好戦的な勇次郎に、肩透かしを食わせるマホメド・アライJr.。烈海王は、毒が全身に回った刃牙をあえて大擂台賽(だいらいたいさい)へ出場させる。
マホメド・アライJr.は、華麗な動きで相手を瞬殺。やせ細りながらも試合に臨もうとする刃牙の相手は、中国一の毒手の使い手である李海王だった。
生ける伝説、郭海皇、満を持して闘技場に降臨。121歳年下であるムエタイの使い手、サムワン海王を相手に、前回の大擂台賽覇者が武の神髄を発揮する。
三合拳の使い手である陳海王に相対するは、日本で唯一海王の称号を持つ寂海王。白熱する試合の裏で、刃牙が勇次郎を挑発して戦いを挑もうとしていた。
片や怪力無双を誇るビスケット・オリバ。片やポケットに手を入れた状態から拳を放つ龍書文。勝負を制するのは比類なき筋力か、それとも居合拳法か。
寂海王の相手は、中国拳法の歴史の中でも屈指の強さを誇る烈海王。天才と称される男に対し、寂海王は巧みな心理戦を仕掛けて勝機をつかもうとする。
ついに始まる、中国拳法そのものである郭海皇と地上最強の生物と呼ばれる範馬勇次郎の世紀の一戦。究極の武と究極の暴力、強いのは一体どっちだ!?
郭海皇が100年もの長きに渡って練り上げてきた武に、生々しい純粋な暴力をぶつける勇次郎。2人の戦いに、誰もが予想しえないクライマックスが訪れる。
梢江は、アライJr.から突然求婚されて大混乱。刃牙よりも優れたオスであると証明するため、アライJr.は合気の達人である渋川剛気に戦いを挑む。
己の力を試すため、刃牙の異母兄弟であるジャック・ハンマーに挑むアライJr.。今までに体験したことのない、ジャックの異質な強さが猛威を振るう。
痛々しい姿となってホテルに戻ったアライJr.を待っていたのは、史上最強の伝説のボクサーである父だった。そして父は、息子に挑戦状をたたきつける。
東京ドーム地下闘技場にて、刃牙とアライJr.の対決が今まさに始まろうとしていた。強大すぎる父を持つ者同士の戦い、勝負の行方は完全に予測不可能。
かつて東京を大混乱に陥れた、あの最凶死刑囚たち。柳龍光が再び脱獄したことをきっかけに、園田警視正は他の死刑囚たちの様子を確認することに。