ウルトラマンが役目を終えてから十数年後、早田進は地球に迫る新たな危機を知る。そして彼の息子、進次郎は、超人的な力の兆しを見せ始めていた。
プロトスーツに身を包んだ早田は、進次郎を襲うベムラーに立ち向かうが、窮地に追い込まれてしまう。父を救うべく、進次郎は大きな決断をする。
ベムラーの後を追うように、地球では異星人達が暗躍を始めていた。それを知らされた進次郎は、科学特捜隊のエドからウルトラマンになるよう頼まれる。
闇に隠れて人間を襲う、恐ろしい異星人を抹殺する任務に就いた進次郎。だが、異星人は市街地へと逃走し、多くの人々が戦闘に巻き込まれてしまう。
奇怪な殺人事件が多発し、科特隊は異星人による犯行だと断定。諸星は、異星人達が暮らす隠された街を訪れ、事件の手掛かりを求めて情報屋に接触する。
進次郎は凶悪な異星人の抹殺にためらいを抱き、その様子に諸星は憤りを隠せない。早田は、ウルトラマンとして戦うことの意味を、悩める息子と語り合う。
街で暴れる大型の異星人から人々を守るため、ついに進次郎は迷いを捨て、潜在能力を開花させる。大切なライブに臨む佐山レナに、危険が迫っていた。
レナのライブ会場にアダドと名乗る異星人が現れ、ウルトラマンと戦闘を開始。その最中、突如としてベムラーが現れ、事態はさらなる混乱に陥ってゆく。
ウルトラマンの正体を知る下級生に出会い、動揺する進次郎。戦闘中に追い詰められた彼を助けに現れたのは、世間で話題の第3のウルトラマンだった。
北斗は、自分を科特隊で雇ってほしいと直訴。動機を聞かれた北斗は、異星人が姿を隠すことなく地球で暮らせる日を実現させるために戦いたいと語る。
北斗は、ウルトラマンの力の扱い方を巡って進次郎と激しく火花を散らし、さらには諸星にも戦いを挑む。レナは、ウルトラマンへの思いを進次郎に託す。
12年前の航空機爆破事故の実行犯を追う北斗。危険の中に飛び込んでいった北斗を救うべく、諸星と進次郎、そして科特隊の部隊は現場へと急ぐのだが…。
ボロボロになりながらも、エースキラー率いる部隊に立ち向かう進次郎、諸星、北斗。絶望的な状況に追い詰められたその時、ついに進次郎が覚醒する!
街で異星人が暴走し、レナとの再会を喜んでいた進次郎に出動要請が入る。事件の現場に居合わせた記者の東光太郎は、衝撃的な光景を目の当たりにする。
光太郎は"人間消失事件"の現場で見た謎のメイドたちを追いかけ、調査をするべくアジトに潜入。諸星は、事件の手掛かりを求めてアダドに接触する。
突如として現れたペダント星人は人類に驚くべき要求を突きつけ、24時間以内の返答を迫る。光太郎は、手伝いをさせてほしいとジャックに頼み込む。
目標に近づいてゆくジャック、タロウ、セブン。時を同じくして、科学特捜隊の基地は敵の襲撃を受けてしまう。マーヤは、非情な決断を迫られる。
進次郎は帰還を果たし、ジャック、セブン、タロウに合流。タイムリミットが近づくなか、4人はペダント星人の惑星攻略兵器"黄金の城塞"に立ち向かう。
黄金の城塞を内部から破壊しようとするジャックとタロウ。早田進と進次郎、世代を超えた2人のウルトラマンが力を合わせ、ペダント星人に戦いを挑む!
ウルトラマンスーツが進次郎の力の変化に対応しきれなくなり、進次郎は新しいスーツの開発に協力することに。開発中のスーツを試す進次郎に、思いがけない実戦テストの機会が訪れる。
進次郎は事件が起きた時の記憶がないと主張するが、しばらくの間スーツの使用を禁じられてしまう。進次郎の父は、ウルトラマンの呪いが息子を苦しめているのではと不安を募らせる。
進次郎は激しい怒りに突き動かされて敵を追うものの、戦いの末に意識を失ってしまう。意識を取り戻した進次郎は目の前の光景に困惑するが、自分が何をしたのかまたしても覚えていなかった。
一連の事件を受け、世間ではウルトラマンへの否定的な意見が強まってゆく。そこに追い打ちをかけるようにメフィストがテレビ放送を乗っ取り、人類に向けて驚くべき宣言をする。
井手は逃げ出した進次郎を見つけ出して連れ戻すよう、光太郎と諸星に指令を出す。身を隠す進次郎は落ち着いて事態を把握しようとするものの、どうしても頭を整理できずにいた。
嵐大介は進次郎を秘密基地に連れて行き、かけがえのない仲間だった進次郎の父との過去を語る。メフィストの次なるターゲットを割り出すべく、進次郎と嵐は情報を整理する。
思いもよらない事態を受け、激しく動揺するレナ。そんな彼女の前に、突如として北斗が姿を現す。進次郎は、ゼットンが現れる奇妙な夢を見続けていることを嵐に打ち明ける。
自分の身に一体何が起きたのか理解できず、レナは混乱するばかり。その答えを求め、北斗は育ての親でもある異星人のもとにレナを連れてゆく。光太郎は、ついに進次郎を見つけ出す。
アメリカにいるはずのジャックが現れ、驚く光太郎と進次郎。レナは、突然目覚めた不思議な力の秘密を突き止めようとする。科学特捜隊は、公安警察による強制捜査を受けてしまう。
ウルトラマンは懸命にメフィストに立ち向かうが、その戦いぶりはウルトラマンへの恐怖心と反感をさらに高める結果に。諸星と進次郎は、厳重に警備された科学特捜隊の基地に侵入を試みる。
互いに抱えていた大きな秘密を打ち明け合う、進次郎とレナ。かつて猛威を振るった恐るべき巨大怪獣が出現し、ウルトラマンは仲間たちと力を合わせて戦いに挑む。
強敵の猛攻にさらされ、苦戦を強いられる進次郎。仲間たちはゼットンを倒すべく、死力を尽くして戦い続ける。すべての戦いが終わったあと、科学特捜隊は新たな一歩を踏み出す。