2人プレイの対戦PLAYERでは、1PLAYERの時のようにクッキーを消していきます。一列消すとポイントゲージが貯まります。先にポイントゲージをいっぱいにした方が勝ちになります。
対戦バトルでは、ヨッシークッキーを揃えて相手に攻撃が出来ます。
例えば、右の相手に攻撃するとして、左側のカーソルを合わせたヨッシーを左に移動させると1列消えます。
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すると攻撃を受けた右側の相手のクッキーの配置がめちゃめちゃになりました。
他にも、攻撃をすると相手のポイントゲージを減らすことが出来ます。
しかし、逆にポイントを与えたりするなど失敗する事もあります。
しかし、逆にポイントを与えたりするなど失敗する事もあります。
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クリア画面
（裏ワザ）
まず、１ＰモードにしスピードをＨｉ，ＢＧＭをＯＦＦにする。
そして、レベルのとこにして、十字キーの↑を押しながら、セレクトを押し続ける。そうすると、１１以上いく。いったらスピードやＢＧＭを調整しても良い。１１以上は、クッキーが、テレサになったりする。こうらは，ヨッシーのクッキーでないと消せない。
関連映像
［FC］ヨッシーのクッキー（Yoshi's Cookie）BGM集
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ヨッシーのクッキー 01
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ヨッシーのクッキー TASさん 対 TASさん
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このゲームは、デザインがとても楽しめ、夢中になれるパズルゲームでした。色々な任天堂の機種でも発売されている作品なので、是非遊んでみて下さい。
星ゾラ
その下は、タイムゲージがあり、一列を消す時間がメーターで表示されており、時間切れになると負けます。
そして真ん中に、2つのポイントゲージがあります。