ステージ事にそれぞれ特徴のあるデザインと、上手くジャンプしないと落下してしまう動く足場など、様々なステージギミックが存在する。また、ステージ事に敵タイプがライダー系、ウルトラマン系、ガンダム系と決まっているので、それぞれに対応したキャラで攻略すると良い。
第1話: 出撃!SDヒーロー!!
自然豊かな浮遊大陸が舞台のステージ。雑魚敵はウルトラマン系なので、ウルトラマンでの攻略が望ましい。援護キャラにバルタン星人、お助けキャラにピグモンが居る。中ボスはキングジョー、キングザウルス3世の2体。
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ステージ1ボス: ゼットン
「ウルトラマン」の最終回「さらばウルトラマン」に登場した宇宙怪獣で、「初めてウルトラマンを倒した怪獣」として有名である。無機質な顔と圧倒的な戦闘力、抑揚の無い「ピポポポポ」といった電子音の鳴き声(?)が不気味な存在であったが、本作では「よくも子分達を可愛がってくれたな!」と感情も露に喋っている。こちらの攻撃を防ぐバリアを展開し、分裂する火炎弾を発射してくる。
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第2話:恐怖!ショッカー軍団の復活
城塞と化したショッカー基地が舞台のステージ。迷路状に配置された通路に巨大鉄球が転がって追いかけてくる厄介な地帯がある。敵は章題の通りライダー系なので、1号での攻略が望ましい。お助けキャラでモグラ獣人がおり、中ボスはコブラ男、戦闘員3人衆、カメバズーカ、鋼鉄参謀が居る。
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ステージ2ボス: ボーンファイター
本作オリジナルのボスキャラクターであり、仮面ライダーV3を捕らえ、ショッカー基地を取り仕切っている存在である。こちらを追尾してくる骨の弾と、ジャンプで飛びかかってくる攻撃をしてくる。
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第3話:潜入!敵宇宙基地をたたけ!!
敵の宇宙基地内部が舞台で、金網のような足場を進んで行く。雑魚敵はガンダム系のモビルスーツなので、ガンダムで攻略していきたい。動く足場がステージ中に多数存在するので注意が必要。援護キャラにナイトサザビーが居るが、進むルートによっては仲間にできないので注意が必要。お助けキャラにハロ、中ボスはガズエル&ガズアル、シャアザク、キュベレイが居る。
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ステージ3ボス: ジオング
「機動戦士ガンダム」より作中終盤に、ジオン軍大佐「シャア・アズナブル」が搭乗しアムロ・レイが搭乗するガンダムと死闘を繰り広げた機体。「ニュータイプ」パイロットに対応した操縦および火器管制システム「サイコミュ」を標準装備しており、本作でも腕を飛ばして遠隔操作して攻撃してくる。また本体撃破後に頭だけになっても襲ってくる所が原作再現されている。
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第4話:戦慄!クリスタルキャッスル
捕らえられたウルトラマンタロウを救出するため、クリスタルキャッスルに乗り込む。クリスタルの床には所々穴があいて居たり、地震を起こしてこちらの動きを封じてくる巨大クリスタルがあったりと中々厄介なギミックを持つ。動く足場ギミックの数も多く、ジャンプが試される。的はウルトラマン系なのでウルトラマン攻略が安定だが、V3のハリケーン号で難所は走り抜けるのも有り。お助けキャラにロアがおり、中ボスはガッツ星人、ヒッポリト星人、バードンが居る。
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ステージ4ボス: クリスタルドラゴン
ボーンファイターに続き2体目のオリジナルボスキャラ。ウルトラマンタロウをクリスタルに封じており、弾速の速いウェーブビームと3Wayの氷の弾を放って来る。また本体撃破後に、蛇のような形状のドラゴンになり、素早い動きと弱点が頭部のみという、こちらの攻撃を中々当てにくい形態になる。
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第5話:灼熱!魔の溶岩地帯
落ちるとダメージを受ける溶岩地帯が舞台のステージ。落石の罠や、流れる溶岩を飛び越えて進まなければ行けない場所がある。しかし、溶岩に落ちても落下扱いにならず、ダメージを受けるだけなので、V3のハリケーン号でノーダメージで進む事ができ、ショートカットする事も可能。敵はライダー系なのでV3での攻略が良い。援護キャラで地獄大使が仲間になる。お助けキャラはロアと暗闇大使がおり、中ボスは蜘蛛男、蛇獣人、ハチ女が居る。
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ステージ5ボス: アポロガイスト
仮面ライダーシリーズ3作品目、「仮面ライダーX」からXライダーのライバルとして非常に人気のある怪人が登場。何故V3からの怪人がボスでは無いのか?と一瞬考えてしまった。原作同様、強力な銃「アポロショット」と攻防一体の盾「ガイストカッター」で攻めてくる強敵。
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第6話:狂気!MS研究所の野望!!
消息を絶ったナイトガンダムを捜索するため、MS研究所へ乗り込む。視界が円形に限られ、また迷路のように入り組んだMAPのため非常に迷い易い。また番号の書いてある入口に入ると、別の番号の入口へ移動するため一気に現在地点がわからなくなる。敵はガンダム系なのでガンダムで攻略したい所。お助けキャラでロア、ナイト百式がおり、中ボスでズゴック、ビグザム、サイコガンダムが居るが倒さなくてもボスに辿り着ける。
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ステージ6ボス: デブデダビデ
3体目のオリジナルボスキャラであり、ナイトガンダムを自分の部品として組み込んでいる。自分を倒すとナイトガンダムも死ぬと言って襲いかかって来る非道なボスである。しこを踏んで地震を起こしてこちらの動きを封じ来たり、ビスをばら撒いて攻撃してくる。デブデダビデを撃破した事でナイトガンダムは死んでしまうが、お助けキャラのロアが自身の命と引き換えにナイトガンダムを復活させる。
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第7話:血戦!6大ヒーローVSダークブレイン
最終ステージは敵の巨大戦艦が舞台。画面を暗黒空間にしてステージを見えなくしてしまう敵や、ジェット噴射が行く手を阻む。ライダー系、ウルトラマン系、ガンダム系の各系統の雑魚敵がそれぞれ出現するのでキャラクターチェンジで対応して行く。お助けキャラは存在せず、中ボスとして今までのボスとして登場したゼットン、アポロガイスト、ジオングが登場する。
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最終ボス: ダークブレイン
本作のオリジナルキャラでありラスボス、全能なる宇宙の支配者を自称している諸悪の根源。SDヒーロー達に手を組む事を持ちかけるも断られる。ラスボスに相応しくまともに戦うと苦戦必至である。巨体による当たり判定の大きさを生かした接近と、自身を中心に回転する三つのビット、こちらの移動コントロールを逆にしてしまうシフトバブル、避けにくい火炎ビームと非常に厄介。高威力の特殊技を惜しげもなく連打して倒すのが良い。
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