ステージ6：地上要塞
巨大砲台に巨大ミサイルポッド、それに加え多数の砲台と破壊対象が多いボス。何度かUターンする事になるだろう。
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ステージ7：海上
ブリーフィング画面にて、エリア88に向かって進んで来る潜水艦のシンボルを選択すると始まるステージ。道中ほとんど雑魚キャラがでず、ボス戦となる。
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ボス7：原子力潜水艦シーベット
水中から飛びだす勢いで、炸裂するミサイルを放つ現実では多分ありえない攻撃をしかけてくる。途中から入ってくる雑魚敵が多少厄介だが、潜水艦本体は思ったより強くない。
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ステージ8：渓谷
山岳地帯の渓谷が舞台。岩に偽装した砲台も厄介だが、ナパーム弾を落下させて行く戦闘機が厄介。ナパーム弾は地面に落下すると火柱をあげ、地面付近の地上兵器を倒していると巻き込まれたりするので注意。
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ボス8：ブラックバード
巨大ミサイルとミサイルポッドから放たれる追尾ミサイルが強力なボス。ブラックバード自体は画面中を漂うので、ミサイルを交わしながらブラックバードも交わす必要があり目まぐるしい戦闘になる。また後方からショットを撃ち込もうと近づくとジェットエンジンを一気に噴射してきて、それに巻き込まれると撃墜されてしまう。
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ステージ9：洞窟
地面と天井の間隔が狭い洞窟内をひたすら進む事になるステージ。狭い可動範囲から敵の砲台から放たれる弾丸を交わさなければならない中々シビアなステージ。
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ボス9：装甲車両
天井に張り付いて、火炎放射を下まで直線に放ってくるボス。弱点部位である中央のコアをシールドが守っており、通常の直線弾ではダメージを与えられない。特殊兵装で上側へ攻撃できる物を搭載していないと、倒す事は難しい。
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最終ステージ：プロジェクト4基地
プロジェクト4の秘密基地に侵入していく最終ステージ。道中、もの凄く狭い通路を通るのだが、後ろから戦闘機が高速で連続にやってくる。ほぼ避けきる事ができないので被弾は確実だが、全方位弾などで撃墜してやり過ごす手もある。
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ボス10：ペンギン
ペンギンっぽい形のボス。下側に回るとガトリングガン、上側はミサイル攻撃、正面にタックル攻撃をしかけてくる。下側の攻撃が危険なので、極力上側で戦いたい。
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ラスボス：超巨大戦艦
最後の戦いは謎の巨大戦艦、上下左右に複数の砲台が配備され、全く隙が無い。全体をぐるりと巡っていき、各部位を破壊する必要がある。一定以上破壊すると、上下から弱点のコア部分に侵入できるようになるが、侵入してコアを破壊する場所は狭く、時々前後するコア自体にぶつかってします事もある。最後にふさわしい難易度を誇る強敵。
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激闘の末、エンディングへ・・・・
エンディングでは、プレイヤーが選択したキャラ以外が先に敵の基地から脱出して、まだ脱出できていない最後の一人を待つというシチュエーションが共通。筆者は風間真でクリアしたが、他のキャラの場合でもクリアしたキャラが最後に合流して専用のセリフを言う。
脱出！
後方から爆発が迫る中、からくも2機が脱出に成功する！
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プレイヤーの機体は居ない・・・
プレイヤーの機体は脱出中、敵の妨害を受けていたので取り残されてしまっていた・・・・。
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戦場に散る・・・・
時間もしばらく経過してしまった、やはり脱出できず助からなかったのだろう・・・・。諦めが二人の胸中をよぎる。
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やっぱり生きてた！
駄目かと思った矢先ゆっくり近づいてきた機体はプレイヤーが選択した機体、ベタだけど無事でなにより！
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戦いは終わった・・・・
無事3機とも帰投できる模様、プロジェクト4の野望は潰えたのだ。三人は長い戦いに思いを馳せる。
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原作では、仲間達が次々と勇ましく戦い戦死していってしまう所、ゲームでは生き残ってハッピーエンドとなっている。これについて賛否両論あるようだが、3人のバックボーンを思うと、最後のこの終わり方もこれはこれで有りでは？
SFC版 エリア88のまとめ
本作は、シューティングゲームながら機体と特殊兵装の購入から組み合わせ、ミッション選択というシステムが有る事で当時、他の同ジャンルのゲームには無い奥深さと自由度が魅力だった。
また、昨今の弾幕シューティングゲームの小さい当たり判定では無く、機体のサイズ分大きく当たり判定が取ってある事から、今やると返って非常に難しく感じる。敵の弾速も速いし、画面端からいきなり出て来てぶつかる事もある。その辺りの、今でいう「不親切」なゲームデザインは近年では悲しい事に許容されない傾向にある。だからこそ、筆者はこのゲームを硬派だなぁと感じるのだった。
また、昨今の弾幕シューティングゲームの小さい当たり判定では無く、機体のサイズ分大きく当たり判定が取ってある事から、今やると返って非常に難しく感じる。敵の弾速も速いし、画面端からいきなり出て来てぶつかる事もある。その辺りの、今でいう「不親切」なゲームデザインは近年では悲しい事に許容されない傾向にある。だからこそ、筆者はこのゲームを硬派だなぁと感じるのだった。
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