ラヴォスとの戦闘で敗北するとゲームオーバーではなく、A.D.1,999ラヴォスの日のラヴォス出現と世界滅亡がアリスドームの所長によって観測され、壊滅した星の映像とともに「BUT... THE FUTURE REFUSED TO CHANGE.」（しかし、未来は変えられなかった）と表示されるというバッドエンディングになる。
クロノトリガー 「世界崩壊（A.D.1999）」エンディング No.0 世界崩壊 - YouTube
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ハッピーエンディングでいきましょう！
ともに戦ってきた仲間ともお別れです。
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トントン
A.D.1999年、ラヴォスの日1時24分、6000万年以上もの長きに渡って地中深くに潜んでいたラヴォスが地上に姿を現すことにより、地球は死の星となる。DS版ではタイムワープ時にこの時代にカーソルを合わせるとワールドマップが確認できるが、ラヴォスとの戦い以外で冒険の舞台として歩くことはできない。なおこの時代のラヴォスとの戦いに敗れると、それにより世界が滅ぼされる様子が描かれるバッドエンディングが流れる。