全39話を予定した作中では、やや高年齢の視聴者層を意識したハードなストーリーが展開されたが、作画面でのバラつきが多かったことからアニメ雑誌での誌面獲得もできなかった。
また、たびたびの時間変更がされていた。結局、スポンサーの経営悪化などでこれからクライマックスに入るという時に打ち切りが決定したが、広告代理店の尽力によって当初の予定より1か月放送期間が延長されている。その後放送順を調整し、敵の人工太陽作戦に対する判断ミスで地球は水没、人類滅亡が示唆されたシーンで「完」の文字が出て終了という、地球人側の全面敗北ともとれる衝撃の最終話となった。東京地区でこの最終話が放送されたのは1981年1月25日で、『伝説巨神イデオン』も5日後の1981年1月30日に打ち切りとなっている。完成済み未放送フィルムは3話分あり、コンテも最終話まで完成していた。
この衝撃的な最終話の反響は大きく、放送終了直後から問い合わせが殺到、完全版の放送を求める署名活動やファン集会、自主上映会が開催された。
製作会社もこの雰囲気を敏感に感じ取っており、アニメ雑誌への未公開ストーリーや映像の提供が積極的に行われ、さらに1981年4月には「豪華本」といわれる愛蔵本が製作元の葦プロから直接出版された。
『宇宙戦士バルディオス』は、途中で打ち切られ、人類がほとんど死滅してしまうという衝撃の最終回をむかえたため、その結末に驚かされた人が多くいました。また途中で打ち切りとなったため、劇場版でテレビアニメでは描ききれなかった部分が紹介されましが、やはり劇場版もバットエンドでした。気になる方は、是非ご覧ください。
1つ目は、放射能が充満する中でマリンが帰ってきて、徐々に放射脳に汚染されて幻覚を見はじめる。つまり、やがて死んでいくという終わり方。
2つ目は、マリンは大気圏突入の際に死んでしまって、死後の世界へ行ったという終わり方。
3つ目は、ガットラーの最後のーあれは実は最後のエネルギーなんですが、亜空間に巻き込まれて、1話のときのように、時間と空間を越えて、異次元に入ってしまい、そこはガットラーが人類の祖先になっている世界という終わり方。つまり、過去から現在、未来へと、時間がつながってしまって、救い硬い悲劇が永遠に続く世界になってしまった、みたいな。
広川はラストシーンを、「やるせない幸福の一言につきます」と語っています。